中药资源中心于2012年12月18日正式挂牌，是以中国中医科学院中药资源学科优势为基础，整合国内研究力量，建成的国家级平台，全面承接全国中药资源普查成果，开展中药资源基础和应用研究及成果转化，进行中药资源的动态监测及生产适宜性区划，承担国家中药新药开发的中药资源可持续利用评估。
       中心的“中药资源创新团队”是科技部重点领域创新团队，中心是道地药材国家重点实验室培育基地的依托单位、是中国药学会中药资源专业委员会、中国药学会药学史专业委员会、中华中医药学会中药鉴定专业委员会、中国生态学会中药资源生态学会、中国植物学会药用植物及植物药专业委员会、世界中医药学会联合会药用植物资源利用与保护专业委员会等6个专业学会，及全国中药种子种苗标准委员会和ISO/TC249/WG1的挂靠单位。目前有国家中医药管理局分子生药学（培育）、药用植物学、中药鉴定学等3个重点学科。
中心近年在中药活性成分生物合成的功能基因研究、中药分子鉴定、中药资源区划及遥感监测、中药材生态种植及土壤微生态综合修复治理等方面处于国际先进和国内领先水平。相关研究获得国家科技进步二等奖4项。